METRO 2039 zachová skrytý systém karmy známy z predchádzajúcich hier série. Výkonný producent 4A Games Jon Bloch pre GamesRadar uviedol, že rozhodnutia hráča budú mať následky, no štúdio tentoraz pristupuje k systému trochu inak, aby lepšie slúžil príbehu. Podrobnosti o tom, ktoré činy ovplyvnia karmu a ako sa zmenia jednotlivé konce, vývojári zatiaľ neprezradili.
Nová hra sa zároveň odkloní od morálnej nejednoznačnosti starších dielov. Podľa Blocha chce 4A Games v METRO 2039 predstaviť jasnejšie rozlíšenie medzi správnym a nesprávnym konaním. Príbeh sa sústredí na postavu Strangera a jeho návrat do moskovského metra, ktorému vládne autoritársky režim Novoreich. Oficiálna stránka hry potvrdzuje vydanie vo februári 2027 na PlayStation 5, Xbox Series a počítačoch. Cena zatiaľ oznámená nebola.
